La recherche a pour objectif d’améliorer et de développer des connaissances sur les jeunes en difficulté et leur famille et sur les réponses sociales qui leur sont offertes. 
 
La programmation de recherche du CJQ-IU est fondée sur le créneau identitaire de l'établissement, soit celui du bien-être et du développement optimal des jeunes et des familles, plus spécialement ceux nécessitant des services sociaux de 1re ou de 2e ligne.
 
Quatre axes définissent les angles à partir desquels le CJQ-IU croit possible d’améliorer ce bien-être et ce développement :
 
 
Enfin, il est important de souligner que de nombreux intervenants ou acteurs terrain participent à la réalisation des projets de recherche en collaborant au recrutement des participants, à la collecte des données et à l’interprétation des résultats. Les intervenants apportent aussi aux chercheurs leurs connaissances et leur interprétation clinique des résultats de recherche. En retour, les chercheurs de l’équipe proposent aux intervenants des activités de transfert et de valorisation de connaissances.
 
Le CJQ-IU entretient également des liens privilégiés avec les chercheurs du Centre de recherche sur les jeunes et les familles à risque (JEFAR) de l’Université Laval. Depuis près de quinze ans, l’équipe du Centre de recherche JEFAR est présente au CJQ-IU et effectue bon an mal an une dizaine de projets de recherche en collaboration avec des intervenants et des gestionnaires. Cette affiliation directe avec le domaine universitaire permet entre autres de dynamiser le déroulement et le développement des activités et des connaissances. Pour de plus amples informations sur le Centre de recherche JEFAR et des membres qui le composent, nous vous invitons à consulter leur site Internet.