Les recherches effectuées au CJQ-IU ont pour objectif de développer des connaissances sur les jeunes en difficulté et leur famille afin d'améliorer les services qui leur sont offerts. 
 
La programmation de recherche du CJQ-IU est fondée sur le créneau identitaire de l'établissement, soit celui du bien-être et du développement optimal des jeunes et des familles, plus spécialement ceux nécessitant des services sociaux de 1re ou de 2e ligne.
 
Les travaux de recherche effectués sont regroupés autour de cinq axes :
  1. Développement des connaissances des jeunes vulnérables
  2. Développement des connaissances des familles vulnérables
  3. Développement des connaissances sur les services offerts aux jeunes et aux familles et évaluation des technologies et des modes d'intervention
  4. Transfert et utilisation des connaissances scientifiques
  5. Évaluation de l'efficacité des interventions et développement des pratiques de pointe
Il est important de souligner que de nombreux intervenants ou acteurs terrain participent à la réalisation des projets de recherche en collaborant au recrutement des participants, à la collecte des données et à l’interprétation des résultats. Les intervenants apportent aussi aux chercheurs leurs connaissances et leur interprétation clinique des résultats de recherche. En retour, les chercheurs de l’équipe proposent aux intervenants des activités de transfert et de valorisation de connaissances.
 
Le CJQ-IU entretient également des liens privilégiés avec les chercheurs du Centre de recherche sur les jeunes et les familles à risque (JEFAR) de l’Université Laval. Depuis près de quinze ans, l’équipe du Centre de recherche JEFAR est présente au CJQ-IU et effectue bon an mal an une dizaine de projets de recherche en collaboration avec des intervenants et des gestionnaires.