Avec comme principale préoccupation le bien-être et le développement optimal des jeunes et des familles, la recherche au Centre jeunesse de Québec – Institut universitaire se concentre principalement autour de quatre axes. 
Les aspects psychologiques et sociaux de la santé des enfants vulnérables
Cet axe se concentre sur les aspects psychologiques et sociaux de la santé des enfants vulnérables, particulièrement ceux qui reçoivent des services d’un centre jeunesse, qui en ont reçu par le passé ou qui sont susceptibles d’en recevoir, que ce soit pour des motifs de protection ou de contrôle social. Les objectifs poursuivis sont:
  • Contribuer au développement des connaissances sur l’état de santé mentale des enfants vulnérables, leurs besoins, leurs compétences et leur trajectoire de vie;
  • Soutenir l’offre de services aux enfants vulnérables et la différenciation des pratiques d’intervention en fonction de la variété des produits et besoins de ces enfants et
  • Éclairer les décideurs en regard des indicateurs de santé et de bien-être à retenir au moment d’évaluer les pratiques, services et programmes s’adressant aux enfants vulnérables.
L’écologie des familles vulnérables et des milieux familiaux substituts
Cet axe s’inscrit dans le courant conceptuel des pratiques centrées sur la famille. Ce cadre repose sur la croyance que la meilleure façon de satisfaire les besoins fondamentaux des enfants est de soutenir et de renforcer les familles, qu’elles soient d’origine, élargies, d’accueil ou adoptives. Les recherches menées dans cet axe se concentrent sur le fonctionnement familial et les processus relationnels, ainsi que sur les questions de parentés plurielles et de diversité. Les objectifs poursuivis sont: 
  • Développer une compréhension plus juste des processus et des enjeux relationnels et adaptatifs au sein de divers modèles et contextes familiaux;
  • Apprécier les pratiques professionnelles au regard de leur capacité à soutenir les forces des familles et les processus favorisant leur résilience;
  • Soutenir la réflexion sur l’adéquation des services aux besoins diversifiés des familles en difficulté.
L’offre de services aux jeunes vulnérables et à leur famille
Cet axe s’intéresse à la production de résultats qui peuvent guider l’action et la qualité des services aux jeunes et aux familles en difficulté vers une plus grande efficacité et utilisation de meilleures pratiques dans le respect des normes établies. Les objectifs poursuivis sont:
  • Identifier les trajectoires de services qui présentent les meilleurs résultats en termes d’efficacité et d’efficience, compte tenu des caractéristiques particulières des jeunes et des familles en difficulté;
  • Dégager les modèles de collaboration interdisciplinaire et partenariale les plus prometteurs pour garantir l’accessibilité et la continuité des services aux jeunes en difficulté;
  • Cerner l’influence des orientations politiques et du contexte législatif sur l’offre de services aux jeunes et aux familles en difficultés afin d’en tirer le meilleur parti pour atteindre les standards d’efficacité et d’efficience dans l’offre de services.
La circulation des savoirs et le développement des pratiques
Cet axe contribue au transfert de connaissances en faisant un suivi systématique et rigoureux des diverses stratégies visant à faire circuler les savoirs de recherche et d’expérience, dans un but d’identifier les meilleures pratiques dans ce domaine. Cet axe se veut aussi une réflexion critique sur la capacité collective du CJQ-IU à améliorer les pratiques et les services offerts aux jeunes et aux familles en difficultés. Les objectifs poursuivis sont: 
  • Évaluer les processus et les stratégies d’implantation des données probantes et des innovations afin d’identifier les plus prometteurs;
  • Expérimenter et évaluer des mécanismes favorisant l’interaction fructueuse entre les chercheurs, les gestionnaires et les intervenants dans le but de co-construire les connaissances.