Le Centre jeunesse de Québec – Institut universitaire est engagé dans une démarche d’amélioration continue de l’ensemble de ses processus organisationnels.
 
Depuis l’an 2000, l’une de ces démarches est celle entreprise avec le Conseil québécois d’agrément.  Une cohérence à tous les plans est assurée afin de faire une planification d’activités qui concourent à l’atteinte des résultats d’amélioration à l’échéance.  Il est recherché de garantir à l'usager une qualité de services optimale en plus d'assurer l’harmonisation et la conformité des actions valorisées au sein de l’organisation.
 
L’établissement est préoccupé de l’amélioration de la qualité des services et cette vision de la qualité est intégrée dans les processus et modalités de dispensation des services et repose donc sur les contributions de chacun. L’appréciation continue de la qualité perçue par l’usager et ses parents  est également une préoccupation du Centre jeunesse de Québec – Institut universitaire. L’établissement apporte une attention particulière à ce que vivent l’usager et ses parents dans le cadre des interventions. Il statue sur l’importance de s’enquérir régulièrement de leur satisfaction quant à l’intervention, de prendre le temps d’expliquer la nature de l’intervention, de donner l’espace et le temps nécessaire aux parents pour exprimer leurs opinions et émotions; et de s’assurer que la clientèle s’implique à toutes les étapes du processus d’intervention.
 
De plus, le statut d'Institut universitaire confère au Centre jeunesse de Québec une responsabilité particulière quant au développement d'une pratique sociale qui s'appuie sur des données probantes. En effet, il doit s'assurer de la pertinence, de l'efficience et de l'efficacité des modes d'intervention qu'il préconise.  
 
À cet égard, la nécessité de baser les décisions cliniques sur des données fiables est une préoccupation constante au sein de l'établissement. Les décisions d’importance sont toujours soutenues par une analyse documentée des phénomènes dans le temps et appuyées sur des données opérationnelles constamment validées pour en augmenter sans cesse la fiabilité.  
 
Le CJQ-IU se doit d’être exemplaire en implantant les meilleures pratiques, en innovant, en évaluant rigoureusement ses pratiques, en développant des connaissances utiles  au réseau et en transférant son expertise. Les évaluations de programmes ou les bilans d’implantation sont aussi examinés sous l'angle des résultats obtenus en lien avec les objectifs visés pour chacune des activités ciblées.  De là émergent des projets spéciaux, des plans d’action ou des démarches de révision des pratiques dans les secteurs plus névralgiques de l’organisation.
 
Le Centre jeunesse de Québec – Institut universitaire a développé une méthode rigoureuse dans l’évaluation et le réajustement des programmes destinés à la clientèle, dans le questionnement sur les effets de ses services et dans la révision continue de ses pratiques.  Cette rigueur se manifeste dans tout le processus relié à l’offre de service qui est constamment adaptée aux nouveaux besoins qui surgissent chez la clientèle et conçue tant en fonction des orientations légales et administratives que des priorités régionales.