C'est à partir de la fusion du Centre de services sociaux (CSS) devenu Centre de protection de l'enfance et de la jeunesse (CPEJ) ainsi que des cinq centres de réadaptation de la région 03 (Le Centre de réadaptation pour jeunes en difficulté d'adaptation Cinquième Saison, l'Escale, Le Phare, d'Youville et Tilly) qu'est issu le Centre jeunesse de Québec en octobre 1992.
En 1995, la Clairière, établissement ayant pour mission d'offrir des services sociaux spécialisés aux mères en difficulté d'adaptation, est fusionnée au Centre jeunesse de Québec.
Finalement, c'est en obtenant son statut « d'Institut universitaire » en 1995 qu'il portera le nom définitif de Centre jeunesse de Québec - Institut universitaire en 1996. Cette désignation, reconnaît que l'établissement dispense des services de pointe dans le domaine des jeunes en difficulté, qu'il participe à la formation de professionnels, qu'il a un contrat d'affiliation avec l'Université Laval, qu'il gère un institut de recherche voué au développement de la recherche sociale et qu'il évalue les modes d'intervention reliés à son secteur de pointe.